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Dans le cadre des opérations de représailles des troupes allemandes début avril 1944, Molinges doit subir le courroux des nazis, n'ayant pu venir à bout des Maquisards dans la forêt de la Versanne. Une lettre anonyme dénonce La Fraternelle et sa succursale de Molinges, comme "première base et principal bastion de la Résistance". Elle est pillée et incendiée le 9 avril 1944.
Parmi ces actes de barbarie subie par la région, il convient de noter les actes de pure générosité. Madame Vincent de Molinges, accueille le dimanche 16 avril 1944, un maquisard venant de La Versanne et lui donne de la nourriture pour un camarade blessé. Le lendemain elle tient tête au S.D. (Gestapo), elle refuse de dénoncer les maquisards. Son mari est déporté en Allemagne d'où il ne reviendra pas.
Ces actes de courage côtoient souvent l'ignominie. Evoquons le souvenir du "curé chapeau" ou mieux du "curé Maquis" de Molinges qui s'est toujours placé du coté de la Résistance, et celui du "curé Pétain" de La Rivoire.
Les cadavres de 4 maquisards tués à La Versanne le 7 avril 1944 sont abandonnés sur place, l'adjoint au maire de La Rivoire, le frère de la "bigote" pétainiste en diable: "les Allemands ont interdit de toucher au corps". Ils veulent les "encrotter" sur place, sans linceul, sans cérémonie. Un maquisard Daron, du camp Tony, use de menace et négocie le coût des cercueils et leur ensevelissement au cimetière de Larivoirre. Le "curé pétain" refuse tout sacrement. Le cadavre de Joseph Perrin, 71 ans, maire de Larrivoire qui a été fusillé le 8 avril, à titre de représailles à La Versanne même, n'est pas mieux traité: dans la nuit, des amis ramènent le corps devant sa maison qui fume encore. Le "curé pétain" refuse toute prière, le frère de la "bigote" (le maire adjoint) fait ramener le corps à La Versanne. La "bigote" sévira encore en dénonçant aux allemands l'institutrice de Larrivoire, Roseline Blonde, amie de Martin, chef du Maquis du haut-Jura. Interrogée à l'Hotel de France par Barbie, elle est déportée à Ravensbrück d'où elle reviendra.
Alors que le "curé chapeau" de Molinges va chercher le 16 avril, en dehors de son territoire sacerdotal, la dépouille de Gaston Patel, fusillé à Vers L'Eau. Il la ramène dans sa charrette, en chantant tout au long de la vallée du Longviry, en chantant à tue-tête des psaumes religieux.
Des éléments de la même 157éme division, reviennent début juillet et sèment des horreurs.