Melle Flavie Chatel fut embauchée pour un an pour réaliser le projet muséographique et le projet scientifique, documents nécessaires pour obtenir le label « musée contrôlé par les Musées de France », label que le Musée obtient en 1996. Denis Collet en dehors de la gestion des entrées, était chargé de continuer l’inventaire.
En 1997, Melle Florence Champion fut embauchée comme Chargé de mission,, elle géra le Musée.
En 1999, Melle Pieranne Gausset poursuivit la même tâche et rédigea un livre de présentation du Musée : « Nantua la mémoire vive ».
Un nouveau Secrétaire de mairie avait été nommé, alors que Mr Gorju, très fatigué, devait perdre la vie. La « personnalité » du secrétaire, comme celle du nouveau maire, alourdit progressivement l’atmosphère.
Sans nous en avertir, le secrétaire décida et convainquit le maire de procéder à la démilitarisation des armes du musée, alors que leur simple neutralisation suffisait. Mr Collet tenait à jour un carnet avec inventaire de ces armes, qui était régulièrement contrôlé par les autorités. Ce fut pour nous, une « castration » de ces symboles de la Lutte, réduits à de simple « jouets ».
En 2001, Melle Florence Saint-Cyr prit le relais d’attachée de conservation ; L’association « poussa » à une départementalisation totale du Musée. L’idée plut au Maire, c’est certainement la seule idée que l’on partagea.
Les frais de fonctionnement du Musée, flirtaient avec les 600 000 F. Malgré une subvention du Département, la charge devenait trop lourde pour la Commune.