Le chef de la Sipo/SD locale implantée à Lons-le-Saulnier était Hermann Lütjens. Il avait officié dans la police secrète de l'armée avant d'être transféré à la Sipo/SD en 1942. On ne sait que peu de choses sur lui, il était peut-être membre de la Gestapo avant guerre.
Après guerre, il déclara que Barbie avait été un "grand confrère", "dynamique" et "intelligent", qu'il avait été "l'âme de la lutte contre le Maquis". Considérant la personnalité de Barbie et ces déclarations, il est évident que Lütjens n'était pas un modéré. Lütjens n'avait que le rang de SS-Oberscharuehrer, c.a.d., il n'était pas officier, mais un officier non gradé. Tout cela montre le peu d'intérêt que les Allemands portaient au Jura.
Malgré la certitude, pendant et après la guerre, que la Sipo/SD était omniprésente, ses effectifs étaient très restreints. En tout et pour tout, il n'y avait que 3.000 policiers allemands pour toute la France et pas plus d'une poignée dans le Jura.
Néanmoins, leur puissance augmenta au moment des représailles et des arrestations. La Sipo/SD avait tissé un réseau d'agents efficaces dans toute le France. Les Allemands étaient en général bien informés des personnes qui aidaient le Maquis.
Existait-il une différence entre l'attitude de la Wehrmacht et de la SS envers la Résistance et la population civile dans leur lutte contre le Maquis? Pendant longtemps on cru qu'il n'y avait une distinction nette entre les deux autorités.
La Wehrmacht était "propre", tous les crimes étaient attribués aux SS. Ces dernières années cette vision a évolué et la différence entre les deux était devenue négligeable. La réalité était probablement entre ces deux images, comme nous le verrons dans le cas de l'étude du cas du Jura. (Peter Lieb)