Administration
L’administration allemande tisse un maillage de Feldkommandaturs en zone occupée. La Feldkommandatur (FK) 560 installée à Besançon couvre le territoire du Jura, du Doubs et de l’Ain occupé. Sur ces FK sont installées des relais ou Kieskommandaturs (KK), crées à Dôle, et Gex, puis Salins lorsque la KK de Gex est supprimée. En 1942 ne subsiste qu’une « Austelle » (antenne) à Dôle, de la FK 560.
La F.K. régit tout, commande au préfet qui ne peut que s’exécuter, et punit tout contrevenant, traduit devant le tribunal de la F.K. 560 à Besançon.
Les Kreiskommandaturs (K.K.), relais locaux permettent de mieux surveiller le pays et contrôler l’administration française.
Au plan administratif, le sous préfet de Dôle est nommé « préfet des départements du Jura et de l’Ain occupés. En 1941 il est « délégué dans les fonctions de préfet, mais reste sous l’autorité administrative de la préfecture du Doubs à Besançon.
La F.K. 560 a sous sa responsabilité la K.K. 552 installée à Dole, et une autre dans le Pays de Gex. Ces 2 K.K. fusionnent en 1942 et forment la K.K. 711 qui s’installe à Salins. Les allemands ramènent ensuite cette K.K. à Dole sous la forme d’une « Austelle » (antenne) de la F.K. 560.
Après l’invasion de la zone sud le 11 novembre 1942, l’administration de l’ancienne zone libre est directement placée sous l’autorité du commandant en chef du front Ouest, le général Von Rundsted.
La structure est calquée sur les FK. L’Etat major de liaison 711 (Verbindungsstab), est installé à Lons ; la Verbendungsrab 493 l’est à Bourg en Bresse.
Les antennes (Austelles) peuvent utiliser les troupes qui stationnent ou passent par le Jura et l’Ain, comme la 165ème mais surtout la 157ème Division qui officiera dans l’Ain et le Haut-Jura, en février, avril et juillet 1944.
Troupes combattantes
A coté de l’administration, il y a des troupes combattantes qui relèvent du Oberkommando des Heeres (O.K.H.) puis de l’Oberkommando der Wehmacht (O.K.W.) ; elles assurent l’occupation d’un pays soumis, mais en garantissant sa sécurité.
Jusqu’en mai 1941, le 52ème Division d’active a son Q.G. à Dole, la 157ème Division de réserve dont le Q.G. est à Besançon envoie aussi des détachements dans le Jura. L’importance des troupes combattantes de la Wehrmacht présentes à Besançon et à Dôle, vont considérablement varier en effectifs. Importants aux premiers mois de l’occupation, ils diminuent lors de l’offensive allemande à l’Est, puis se renforcent lorsque la région s’agite.
Ces troupes sont constituées en majorité de ressortissants des territoires de l’Est européen qui se forment et occupent.
Police
Une 3ème administration est le Sicherheistdienst (S.D.) appelé à tort Gestapo. 2 antennes qui relèvent du Kommando de Dijon sont installées à Dole et Besançon. La mission du S.D. est d’assurer la sécurité, leur sécurité : lutter contre les Résistants, les agents étrangers, les juifs, les « indésirables ».
En septembre 1942 un Kommando spécial de la Sipo SD s’installe en zone libre à Lyon. Les SS installés au Casino de Charbonnières vont rapidement se mettre à traquer les opérateurs radio résistants et recenser les juifs de la région. C’est à cette période que se prépare l’invasion par la Wehrmacht de la zone Sud. La Gestapo arrive alors à Lyon, elle installe son quartier général à l’hôtel Terminus derrière la gare de Perrache. Divisé en plusieurs sections, la Gestapo s’installe aussi place Bellecour et à l’école de Santé Militaire, avenue Berthelot. Le commandement régional de Lyon couvre les départements du Rhône, de la Savoie, de la Haute-Savoie, de la Loire, de la Drôme et l’Isère et d’une partie de l’Ain.
Sur les six sections de Lyon, une d’elles, la IVéme présente un danger plus particulier pour les juifs français et étrangers, elle est dirigée par Klaus Barbie. La section IV est chargée de la répression contre « les ennemis de l’État ». C’est encore la section IV qui s’occupe de traquer les juifs et les résistants, celle qui torture, celle qui déporte. Dans la section IV on trouve aussi le contre-espionnage, le service du renseignement et de la manipulation des agents.
Si le Docteur Knab est le responsable hiérarchique du KDS de Lyon, la Gestapo de Barbie jouit d’une grande autonomie, spécifiquement en ce qui concerne la traque des résistants et les « affaires juives » en général. Barbie recoit certaines missions de Knab mais le plus souvent, directement du Général Oberg à Paris à qui il rend personnellement compte de ses opérations.
Les ordres que reçoit Barbie sont clairs, d’un côté il doit protéger la Wehrmacht contre les actions de la Résistance, de l’autre il doit participer à la mise en œuvre de la « Solution Finale » sous l’autorité d’Adolf Eichmann.