Dans le Jura, deux lédoniens : Jean Larceneux et Louis Landré tissent un maillage de Résistants en créant des secteurs (voir îlots de Résistance). Le besoin de s’intégrer dans une structure plus vaste, les pousse à rechercher des contacts. Ils aboutissent à Lyon et leur organisation adhère à « Combat » début 1942.
Louis Landré, Lamy et Jean Larceneux, Senevez, en assurent la direction collégiale.
Dans le Jura en septembre 1942, le départ des frères Larceneux de Combat avec une partie de leurs troupes est un coup dur pour l’Armée Secrète qui est l’expression armée des MUR. Ils s’engagent dans un réseau du SOE qu’ils développent, au dépend de l’A.S..
Les trois forces armées constituées de L’armée secrète (MUR), du SOE, et des FTP sont divisées au niveau des états major, mais la base, pour l’instant, ne cherche qu’à se battre. Les jeunes membres de l’AS s’exaltent plus à l’idée de sabotage que de distribution de tracts. Ils sont impatients d’attendre le jour « J ».
Cet appel à l’action, face aux directives « politiques » des MUR de l’Ain et du Jura, entraine un désaccord qui s’installe, entre L’AS et le bureau département des MUR et apparaît aussi bien dans l’Ain que dans le Jura.
Le départ des frères Larceneux de Combat en septembre 1942, suit la nomination de Valentin Abeille comme Chef départemental de Combat ; ils s’engagent dans un réseau S.O.E., et entraînent derrière eux de nombreux sympathisants. Cette scission est à l’origine d’une lutte d’états-majors entre Combat (plus tard l’AS, les F.F.I.), le S.O.E. (Réseau britannique) et les F.T.P..
Au printemps 1944, les Mouvements Unis de la Résistance naissent dans le Jura de l’accord entre l’A.S. de Combat et une partie des membres de l’O.R.A. (organisation de la Résistance Armée) ; tout du moins une fraction qui a décidé de suivre le commandant Foucaud, ancien chef d’état major du 151ème RI.
En mai 1943, Foucaud prend la direction de l’Armée Secrète des M.U.R.
Début 1944 le commandant Marielle-Tréhoüart, à la tête de l’ORA départemental accepte la fusion des deux commandements. Il raconte : « Foucaud avait des hommes, manquait de cadres, j’avais des cadres, aucun maquis ».
La création des F.F.I. sème le trouble au sein du bureau des M.U.R. constitué par les pionniers des mouvements. Les rapports se tendent entre civiles et militaires.
Les M.U.R. sont pratiquement divisés en deux, les F.F.I prennent leur distance avec le directoire de M.U.R..
Dans le Jura trois forces autonomes se partagent le « territoire » : A.S., S.O.E., F.T.P.